2023年9月，南京航空航天大学入选第二批国家卓越工程师学院建设高校，11月，正式揭牌成立国家卓越工程师学院。会上，学校提出“使命共担、理念相融，平台共建、场景相融，师资共享、创新相融，人才共育、文化相融”的“四共四融”培养理念，加快培养爱党报国、敬业奉献、具有突出技术创新能力、善于解决复杂工程问题的卓越工程师。
国家卓越工程师学院旨在面向国防重大战略和地方经济发展，打破工程技术人才培养学科化、院系制的传统组织模式，汇聚校企优势资源，深化协同育人，打造学科深度交叉、校企深度融合的卓越工程师培养新高地。学院实行理事会负责制，理事会成员单位包括航空工业、航天科技、航天科工、中国商飞等20家行业龙头企业。